中日战争之后，几个主要的欧洲国家开始一连串野心勃勃的行动，欲对付军力薄弱、士气不振的中国，迫使中国向西方国家就范。他们要求租借港口使中国大部分土地列入他们的势力范围，铁路的建造权也给予外国公司。
这些充满扩张性的行动，挑起了中国妇排外的情绪。有些中国人到处攻击外国人，甚至扬言要把他们逐出中国。有些人则认为中国向西方学习才属明智之举。因此，部分政府官员和知识分子发起了改革运动，推动一些颇激进的改革。不过，许多人对满清政府已失去信心，当中国在甲午之战败于日本，而且接连在西方列强手下受辱，他们都极其愤慨；秘密组织纷纷成立，鼓动民众。1895年，四川爆发了暴乱但感谢主，中国内地会同工无人丧生，部分原因是得到当地官员的保护，但差会的财物则受到很大的破坏。
年8月1日，在沿海的福建省，施德华牧师（Robert Stewart）夫妇、他们的孩子和八应中国内地会传教士被一个秘密组织的党徒杀害了。戴德生和其它人都认识到一个新时代已经来临。由于某些原因，神似乎收回了他保护传教士及其家庭的手，以致他们惨死于中国。
不过，在1898年夏天，中国的改革派，得到年轻的光绪皇帝支持。光绪阅读过不少激进的刊物，不单是中国人所写，也有李提太大的著作。他推动了后来称为「百日维新」的改革运动。从1898年6月到9月，颁下一度度的谕旨，修改了科举制度，兴办新式学堂及一所大学，学习西方思想，并鼓励在中国建造铁路。
改革派引起了强烈的反对，对立的保守派向顽固的慈禧太后要求支持。在九月，她掌握了朝政，软禁光绪皇帝，剥夺了他一切权力，只保留他的称号。她还拘捕并杀害很多改革派的官员，并停止一切新政。
各地经常发生暴乱，戴德生提到当时的政治情势，指出全面的倾复似乎已无可避免；慈禧太后的行动鼓励了全国的排洋情绪。由于留在内陆各省的洋人大多是宣教士，因此，敌对行动的矛头，便指向他们。
自从「兰茂尔号」的一伙人在1866年到达中国，三十二年以来，不论是由于意外、暴力或是旅游，中国内地会都没有遭受人命的丧失。戴德生为此很感谢神。财物虽有损失，传教士（包括戴德生本人）也有受伤，但从未有人丧生。他的儿子和媳妇相信「在戴德生心中，已对神有安稳的信靠，知道他必保守差会众仆人，尤其是在布道所中独自工作的娇弱女同工，她们工作的地点和其他传教士相距甚远」。
戴德生第十次到中国，在上海住了几个月，由于另一次病痛发作，所以只好留在屋内。有一次他出外探访皮尔逊博士（Dr A．T．Pierson ），他是美国人，是位圣经教师，亦是一位作者和诗歌作家，他当时也罹患重病。「啊！真不知道主要用多大的痛苦，使我们倒空自己，认识到没有我们，他的工作仍可成就。」戴德生在四月时，从上海写了一封信给皮尔逊。在这段期间，他也找机会和差会中超过二百位传教士交谈。
1898年11月，戴德生的病稍为好转，可以和珍妮一起往重庆去，那里有中国内地会在四川的第一间布道所，建于1877年。他们是要参加华西传教士会议。这次旅程走了数百哩，沿着长江溯流而上，开始时他们乘搭汽轮，后来改乘较原始的船只，在冬天的急流中，向前航进。
他们途经汉口，听到澳洲宣教士傅朗明（William Fleming）殉道的噩耗，他是中国内地会第一位殉道者。博朗明死于西南部的贵州，同时遇难的有一位归主的黑苗族人潘守山，潘氏既是他的好友，也是他的助手。「这消息真使人忧伤，」戴德生写信给范约翰说：「为道者是蒙福的，但对于我们，对于中国，对于他们的朋友，却是悲伤的事。不仅悲伤，也是一个予兆。似乎神要用另一种试炼来考验我们，所以我们确要重新穿戴『神所赐的全副军装』。无疑透过更深刻的苦难，会带来更满溢的福杯。我们要紧靠大能的主，从他得着力量……这些试验不会拦阻事工，反而使事工更加深入和拓展。」这些真是先见之言。
这次宣教会议让戴德生有机会与盖士利，并中国内地会在四川的其它宗教领袖交谈。但却要放弃探访西部别的布道所，一方面是由于那些地区爆发暴乱，而另一方面也由于年届六十六岁的戴德生心脏病发，几乎丧命。珍妮日夜照顾他，信靠神必会使他康复。她独自在一个房间中，跪在神面前安静祷告。
「主啊，我们不能作什么。请按他的旨意行事，为我们承担一切。」
戴德生不知道珍妮的祷告，但当她返回他的房间时，他看着她，低声说：「亲爱的，我感到好得多了。」
从那时起，他开始重新得力。
虽然戴德生的健康在返回上海途中稍为好转，但他们仍决定到位于烟台海边的内地会健康疗养院去，度过1899年的夏天。这一次，他们有机会认识那里三所著名学校的教师和学生。他们很高兴地看着小孩子们嬉戏。在奠基纪念日，他们举行划艇、板球和网球等比赛。戴德生在当中致词。那是一个温暖的黄昏，他们在大学的院内举行晚会。珍妮记得从音乐室中透出来的灯光，跟月色溶液合，美丽极了。有一位教师演奏小夜曲，他是位出色的音乐家。
那年夏天，戴德生花了很长时间为「前进运动」祈祷，在祷告之余，他和珍妮也用一些时间，去计划他们将来隐居之所。戴德生买了一块地，就在离上海两天航程的一个山上。他们希望在那里筑一所房子，可以远离上海总部繁忙的工作。房子上层有一个三面的阳台，可以观看茂林郁郁的群山和伸延出去的广阔平原。
虽然有病在身，戴德生仍参加中国委员会在1899年1月和9月之间召开的八次会议，其中只缺席了一次。然后，他和珍妮，以及儿媳戴存义夫妇，从上海坐船往美国去。途中折往澳洲和纽西兰，因为答应了到那里讲道。之后，他们横渡太平洋，到达加里福尼亚州，再乘火车到纽约去。
纽约的卡内基礼堂（Carnegie Hall）坐满了三千五百人’正举行1900年4月的联合宣教大会。会场外也有大型聚会，给公众和超过一百个宣教组织近1，900位的代表会面。美国总统和纽约州州长也到场欢迎参加者。
戴德生讲道的主题为「宣教工作的得力之源」。其时，距他六十八岁生日尚有一月。他坐在讲台上，与一群在宣教工场上的杰出人士并肩而坐。他等候讲道时，环顾那宏伟的演讲厅——有两层包厢和三个圆形的看台。他踏前一步，首先如常的默祷，然后拾起头微笑。「能力是属乎神的」，他以这句话开始了讲道。
霍亨利永不会忘记那情景。「他开始讲道时声音温柔，充满感情。全场肃穆。台上经验丰富的宣教领袖，都伸直腰，聆听他说的每一句话。」
戴德生继续说：「……我们都尝试去做，也有很多人按着自己容易做或方便做的，尽力去做，但神的爱充满我们的心时，就有一种奇妙的能力，使我们跟保罗一样愿意受苦。我们愿意认识他复活的大能（意味着「己」的死亡），并与他一同受苦，以至受死。有一句话是永远真实的，多种的多收，少种的少收。……」
霍亨利忆述说：「全场的人都深受感动，会众的心都向主开放，心灵迫切地要成为合主心意的人，作合主心意的事。决志奉献自己，为主而去。」三十年过去了，霍亨利仍听到有人对他说，戴德生那天早上的信息，使他们的生命有了很大改变。
五月，戴德生从纽约到波士顿，负责主持一些聚会，同行还有皮尔逊博土，他已病愈康复。在一次聚会中，戴德生的思路似乎突然断了，重复着两句话：「你只会信得太少，绝不会信得太多。既使我们不信，他仍是可信的；因他不会背乎自己。」
皮尔逊走出来帮忙，接续戴德生主领那次聚会。他后来思想这事，说：「这事令人感到悲哀，但也富有诗意。这次重复说话，是戴德生崩溃的第一个征兆；这句话反映出他对自己一再的提醒。也是他多年来的宣教工作中，对同工的提醒。这实在是一句祝福的话，也是他一生分别为圣事奉的确据。」
戴德生的医生儿子戴存义，形容他是「相当严重的崩溃」。在海恩波的自传中，他说：「这次崩溃是由于他身体的耗尽，以致损害了他的记忆和精神。」美国的行程因此要缩短，戴德生和珍妮在1900年6月回到伦敦。
戴德生太衰弱了，无法再主领聚会，甚至写信也不行。珍妮安排了与他一起到瑞士的达浮斯（Davos）去，希望可以帮助他慢慢的复原。
戴德生和珍妮于1899年9月离开中国后，政治局势变得更坏；中国被日本打败，又被欧洲列强侵占港口，外国公司开始建造铁路，整个中国近于被瓜分的局面。仇外情绪高涨，加上连年饥荒，局势更不稳定。中国人对传教土的仇视愈来愈甚，谣言满天飞，说他们有许多残忍和不道德的行为，破坏中国的风俗。
慈禧太后命令各地的武装部队作好准备，保卫国家。由于这些部队时常练习拳术，所以被称作「拳民」。这些拳民以「灭洋」为口号；渐渐有许多不法之徒加入，跟秘密组织勾结起来，迷信邪术，认为这些邪术可以保护他们，免受敌人子弹枪炮的伤害。
到了1899年底，拳民开始杀害基督徒，各省官员也没有加以阻止。到了那年的大除夕，一个隶属于海外宣扬福音差会的英国传教士被杀。英国政府提出强烈抗议，结果有几个人受罚。然而，到了1900年6月，慈禧太后不理会大臣的劝阻，违反她侄儿光绪皇帝的意愿，发出了一道谕旨，下令杀死住在中国境内的所有外国人。因此，中国便成为其他所有国家的公敌。
