英国政府决定针对扬州事件，作出强烈的抗议，并采取适当的行动。领事麦华达（Walter Medhurst，译者注：是麦都思牧师的儿子）决定亲自到扬州去，请孙知府往南京向两江总督解释他何故没有从速处理此事。
9月8日星期二，麦华达在海军保护下，乘船直赴扬州。同行还有英国副领事阿伦（Alien）及法国领事。一艘法国军舰停在大运河的人口，等待他们回航。戴德生因为伤口发炎，不能够与麦华达共往，便由童跟福和蔡文才（Joslahjackson）代表前去。
孙知府已经事先得知麦华达领事到访的消息，他带了自己的随从在城的侧门候骂，希望把洋人从后街引到衙门去，免致惹人注意。但麦领事一行人众却从大门进城，浩浩荡荡地经过最繁盛的街道，尽量引人注目，他们来到衙门，把地方占用，又派人守着各处门口，要求与孙知府会谈。
当孙知府返抵衙门，发现英国兵士在门口驻守，不由大惊。他极力争辩，说8月22日晚发生的事只是小小的骚动而已。麦华达没有接受他的解释，只是提出一连串的要求。但孙知府说那是他权力范围以外，不能答应。麦华达坚持要孙知府和他同往南京，使他能在两江总督面前提出以上的要求。孙知府答应同去，但要乘搭自己的船，不愿象犯人般被英舰押解。
之后，麦华达和他的随员跟着孙知府到劫后的内地会会址视察。虽然一些狡猾的官员曾作了紧急的修补工作，但那些残垣败瓦仍可以显示出暴徒的破坏。
麦华达和戴德生会面，详细了解各传教士所受的伤害，之后径往南京。在那里，他受到两江总督曾国藩盛情的接待，但对于麦华达的投诉，却没有认真处理。在接到详细的报告前，曾氏一直拖延。
孙知府到达后，麦华达继续提出他的要求，但曾氏还是拖延下去。
后来，护卫麦华达的海军将领因患痢疾而先行把船驶回上海医治，留下麦华达和一艘小船。由于没有枪炮作后盾，中国官员开始对麦华达冷言冷语，曾国藩的口吻也改变了，不再考虑他的各样要求，只命令孙知府就那件事情发表公告而已。
麦华达对于这样的反应大为不满，要求公告发出前，先由他审核，并且声明所有关于扬州事件的文件，必须送交北京的英国公使。
1868年9月，戴德生撤除倪义来在内地会的职务。在给倪义来的信中，他提到这是几经考虑，并与会内所有成员开会商议后的结果。他继续说：「我撤除你的职务，并不是由于宗派上的不同意见……或是由于你对英国服装的偏爱，或是其他理由，而是因为你习惯和蓄意去颠倒是非。」倪义来一直以来都对内地会的成员及其它差会散播有关内地会的谎言。
戴德生把信写好，请麦卡悌过目和修饰文辞，然后送交倪义来。麦卡悌对戴德生说：「在未发生这次暴乱之前，我们不大知道我们是多么爱戴你。希望为主的缘故，也为着这片需要福音的土地，……我们更紧密地互相扶持。亲爱的弟兄，愿神赐给你刚强的勇气，因为我相信你在写这封信给倪义来时，心里一定极其难过。」麦卡悌也写了一封信给布迦先生，称赞戴德生的高尚品格，并且为他极力辩护。他认为戴德生唯一的「过失」，就是尝试一个人做十个人的工作。
布迦寄了十镑给倪义来作为日常生活费用，又愿意提供倪氏夫妇从华近英的船票。可是，倪义来选择留在萧山。稍后他在宁波的一间医院工作了一段很短的日子，此后再没有他的音讯了。
十月，三位同情倪义来的女教士——斑苏珊（SusanBarnes）及安氏姊妹（Margaret and Jane McLean）联袂向内地会辞职。而麦克莲以后和戴德生仍有往来，玛嘉烈（Margaret McLean）和班苏珊则有一阵子参加了伦敦会的工作。
这些事对戴德生的健康打击很大，玛莉亚极之盼望他能够有几天休息的时间。
自从扬州教案后，内地会不断受到英国报章的批评，甚至基督徒也非议他们，奉献显著减少了。许多人误会戴德生，认为他寻找英国领事帮助，利用坚船利炮来对抗中国官府。事实上，在事发之初戴德生是向中国官吏求助的，只是事后才把事情发生的经过通知英国领事。英国领事的行动完全是自发的。
1868年11月 18日，戴德生和他的家人再次回到扬州故居。在搬进去之前，有一个天主教神甫这样记述说：「人们恭敬地领着麦华达和戴德生经过大街，来到一座可容四百人的宝塔中。穿着整齐的士绅走在官吏前面，鱼贯进入，那两名罪魁祸首已经被捕，其他人为了满足洋人的要求，都来参加游行。两名官差在游行队伍前面开路，向人大声宣告说：传谕百姓：务得伤害洋人，或称之『洋鬼子』，要尊称其为『大人』。戴德生被送回原来的住所，该宅已由官方斥资重修，完美如新。就在这所扬州大屋里，玛莉亚在1868年11月29日再生下一名男孩，取名戴查理（Charles Edward Taylor）。
1869年3月，英国上议院对扬州教案及其影响展开辩论。明显地，反对中国内地会的有森马锡公爵（Dube of Somerset）。他说在听见中国内地会的名称后，他对以后发生的种种麻烦一点也不感到奇怪。「现在，我想问一问：我们有什么权利派遣人到中国内地传教？我们有什么权利到中国内地去改变中国人的信仰？……我绝对不赞成支持传教士进人中国内地……事实上，我们只是靠着坚船利炮来传扬基督。当地官员清楚知道，如果他们给传教士麻烦的话，炮舰便跟着来到……所以，我认为我们必须召回内地的这些传教士。……诚然，传教士一定是个宗教狂，否则就可能是个无赖。如果不是宗教狂的话，他们不会沿江而上，进到内地传播基督教；但若然是宗教狂，便更加危险。……」
可是，外相向他的贵族朋友指出：「在削减传教士人数方面，可不是政府的责任。传教士选择或去或留，我们都无权过问，要把他们逐出中国，恐怕我们无能为力了。」但他也建议传教士跟在商人后面，因为人们看到贸易带来的利益后，自然会开放更多地方，为传教工作提供更多机会。
新上任的彼得堡（Peterborough）主教麦基博士（Dr．Magee）听了这番话后，实在按奈不住了。在他上任以来的第一次演说中，他极力为传教土辩护。他的辞锋犀利，辩才横溢，是个极出色的辩论家。首先他答复森马锡公爵，认为他的意见没有任何传教士会接纳——那就是留下一些地方不去传教或不准传教，因为恐怕传教工作可能影响英国和这些地方的贸易。连最年轻最不热心的传教士都会认为：「英国的贸易利益虽然很重要，但有一些事情是比神圣的鸦片贸易更要神圣。英国为着神圣的鸦片，不惜发动了战争；但有一些事情比这更加神圣——就是服从主的诫命，到世界的地极去，不论安危，把福音传给万民听。……如果一个基督教国家愿意大力保护其国人从事不道德的贸易；但传教士若得罪中国人，令到他们不快，便需听天由命，甚至几为暴徒所害，国家也袖手旁观，她还配称为基督教国家么？」
麦基博士继续指出公爵对传教士的要求过于苛亥。他又说若不是有人把福音广传，他本人和公爵也不会有机会成为基督徒。再者，他说：「外相提议传教士最直跟随贸易商人的脚步，不知他是指何种贸易？那种商人？……是否追随鸦片商？……或者应等到英国商人把他们各种各样的罪恶灌输给华人后，才开始传播福音？传教士不会等待，因为他神圣的职责是上主托付他的，那就是——你们往普天下去，传福音……」
上议院为这事作了意味深长而又激烈的辩论，森马锡公爵提出召回中国内地传教士的要求，终于没有通过。
在内地会受到严厉批评的时候，穆勒（George Muller）是为内地会辩护的主要中坚分子之一。他一直都直接汇钱给个别的内地会传教士，但把金钱平均分配，实在是很困难。布迦把此事提出来与穆勒商量，他立刻接受了布迦的建议。在扬州教案发生后不久，外面的传闻和诽谤还未稍减之时，戴德生收到布迦先生的一封信。
穆勒先主经过情重考虑后，希望有一份内地会全体弟兄姊妹的名单。除非有什么障碍，否则他想尽力帮助每位成员……当然，主知道我们的基金减少，所以感动他尊贵的仆人予以援手。
穆勒把支票寄给每一位传教上，而一封致全体内地会同工的信也同时收到了。信上说：
这封信的主要目的是告诉你们：我在主里挂念你们。我对主在中国的工作极有兴趣，并且每日为你们祷告。当你们在困难、试炼、痛苦和失望之中，知道有人在主里记念你们、支持你们，或许会带给你们一点鼓励……
1870年代，穆勒大概每年给中国内地会传教士寄上二千镑，在当时来说，已是很大的数目。
宾法特（William Pennefather）也是内地会的支持者，他在伦敦举行的迈德美大会（Mildmay Conference）中为戴德生及内地会辩护。在内地会风雨飘摇的日子里，对内地会仍信心不移者计有韦士托伯爵（LordRadstock）、汤姆爵士（Sir Thomas）、宝参夫人（LadyBeauchamP），以及高富牧师夫妇等。
1869年5月底至6月初期间，戴德生一家终于获得期待已久的假期。他们和白安美一起到杭州附近一个叫普陀的小岛度假，那里风景怡人，杜鹃盛放，有长长的白沙湾和宁静肃穆的庙宇，是宁波及上海市民常到的度假胜地。
假期很快结束了，戴德生又恢复繁忙的工作。他现在要负责十八位传教士并其家人，以及六位中国同工。他记述此时的景况：
「差不多每一天我都收到同工的信，要我指示他们——在目前的情况下，发展工作非常困难，是应该离开工作岗位，还是留下来呢？我也不知如何决定。只有象希西家一样，把每一个人的信心都展露在上主面前，相信他会指教我怎样回答他们。」
