「传教土是西方各国侵略中国的先头部队；他们使用法术败坏中国人；他们把胎儿从母亲腹中取出，把死人的眼睛挖来制银子；耶稣更诱惑犹大的妇女，由于侵犯了皇帝的妃嫔，被判死刑；基督徒敬拜『猪』『主』的谐音字），不肯拜天、地、日、月、星宿、祖先和先贤。」
上述的指控记载于长沙出版的一系列小册子之中，长沙是排外情绪激烈的湖南省首府。这些仇外书册的刊印，还得到一位官员的鼓励及协助。结果在1891年，长江沿岸一带都爆发了暴乱。甚至在上海，也是扰攘不安，政府也要镇压抢掠和暴力之事。有一位循道会的传教士，他不是中国内地会的成员，在等候长江的渡轮时，被人杀死了；有一位欧洲海关人员试图上前救助，一同惨遭杀害。天主教的传教士也同样遭害。但中国内地会的成员却没有一个丧生，他们的布道所尽管受到不少威吓，仍没有为暴徒袭击。
西方各国政府派遣军舰保护他们的侨民，并要求中国政府命令各省官员，协助保护宣教士。北京政府不大乐意担此重任，但面对西方列强的压力，没有选择余地，只好应允行事。
「我认为近日的暴乱是撒但对联合大会决定招募一千位传教士而作出的反应，」戴德生记述说：「不过，神也有他的工作；仇敌虽然凶猛，但只有神是全能的。」他发了一封通函给中国内地会所有传教士，指示他们在这危险时期应如何行动。他说：「我们不断鼓励信徒勇敢面对逼迫，为基督的缘故受苦牺牲。他们会认为我们说得容易，因为依他们来看，我们生活安逸，不用面对危难或损失。所以，在我们危急的时刻，他们会留心我们的行为，并且判断我们对于『惟独倚靠他的膀臂，使我们有稳妥的保障』这句话究竟信心如何……我们在此时的行为表现，比我们多年的教导来得更有果效。」
到了十月，暴乱终于平息了。一方面是由于不停的下雨（中国内地会的同工一直为此祈求），一方面也由于北京向各省官员施加压力。
范约翰担任了五年副主任的沉重职务后，终于不得不回到英国休息，剩下戴德生独力主持大局，不能离开上海。「亲爱的侯尔道，」戴德生写信给伦敦内地会内务主任说：「你很难了解这边的情况，我要了解和爱护我们亲爱的同工，聆听他们的愁苦和困难，他们的失意和挣扎；而且知道有人患病，有人需要帮助时，伸出援手；收到在急难中要求指示的电讯，或是报告有人去世时，给子恰当的指引；收到屠杀、纵火的报告，还有各种不同的事故作出适切的行动；再加上日常的职责，以及应付一个将近五百人的差会在经费上的需求，真使我疲惫不堪。只有一个方法使我不至于倒垮了，就是把各样事情带到我们的主面前。他必定帮助，他必能了解。」
中国委员会修改内地会的《原则与实践》和《协议书》之事，使伦敦委员会某些成员不满。这些冲突一直持续到1890年，引致近三十位传教士辞职。戴德生也指出：「撒但确实十分忙碌。」戴德生不在伦敦时，伦敦委员会有些事情没有通知他。海恩波因为参与反鸦片运动而分心，似乎不能专心作中国内地会的行政工作，但海恩波认为这样的指摘对他非常不公平。
也许伦敦委员会和中国委员会之间的对峙是无可避免的。戴德生本来希望中国委员会有执行的权力，运用各区监督的经验去处理每日碰到的实际问题。可是，伦敦委员会自视为中国内地会的总会，其余各地的委员会不过是辅助性质。沙威廉（William Sharp）提出由伦敦委员会掌握最高权力。他认为伦敦委员会要向中国内地会在华工作的支持者和捐献者负责及交待。沙威廉说话尖刻；他对戴德生说：「你的委员会不应徒具虚名，它应有实际的行政权力，当它跟你的观点不一致时，你总试图强逼委员会接受你的观点。我希望你可以容许差会自行运作，而你自己可以集中精神去阐释圣经，以及激励教会。」
让伦敦委员会掌握大权，有违戴德生创立中国内地会的基本原则——以中国作指标。当伦敦委员会干涉一些传教士反对《协议书》中某些方面时，戴德生的反应是：这是工场的事，不是母会的事。
他和中国委员会的主张是：在中国的事情该由在中国的人处理。基于中国内地会至今已成为一个国际性的机构，他们说：「把全体同工联合，成为一体，是当前急务。所有使人感到有所区别和分离的事情，都要一概避免。『没有人可以事奉两个主。』以伦敦委员会为最高权力的建议，不仅使很多人心中不服，并感到：『我们是来自某某团体，我们是隶属它们，不是你们。』……这个本已十分困难的工作，将因此难上加难。」
伦敦委员会仍坚称英国教会不会喜欢戴德生把行政权力给予中国委员会。他自己必须作出罢免的决定，伦敦委员会必须对内地会的《原则与实践》和《协议书》有最后之决定权。他们也要求有派代表出席中国委员会的权利。
当伦敦委员会的信在1891年11月寄到上海，陈述他们的要求时，戴德生觉得差会已经到了一个最严重的危机。他对伦敦委员会说：「你们没有经费支持五百位传教土，你们不能保障他们在暴乱中的安全；你们不能到这里来管理差会的事务；我们必须行在神的面前。他按着他们信中各点逐一回复。珍妮感到他那时实在太辛苦了，差点要了他的命。
不过，这个组织面临的危机并没有完全占据了他的时间。他也可以抽出时间细心料埋他从洛机山脉收集得来的植物标本，并清理他放在吴淞路房子的阳台上、从多利士海峡（Torres Strait）一个岛上所采得的标本。
戴德生也没有因制度问题引起的争论，而忽略了差会的属灵需要。 1892年3月，戴德生发了一封重要的通函给中国内地会每一位成员。他在信中报导了他最近与一些海员、中国仆役、居民和到上海的旅客谈道之经过，他说：「现今人们对差会的需求，是圣灵同在的明证。分发了数以千百的单张和圣经册子，福音信息传讲了数以千次；宣教路程也不知走了多少万哩；但在使人归主上，这一切又是多么微小。作为一个差会，我们务需在神面前谦卑。我们也蒙受神的赐福，可领一些灵魂得救，但那些追赶千人，或是二人使万人逃跑的在哪里呢？那些曾经干渴，现今得着满足，从他里面涌流活水江河的，又在哪里呢？
「也许我们很少人会对我们工作的结果感到满意，有些人或许想道：如果我们有更多、更贵的机器，我们必会做得更好。可是，我们需要的，是属天的能力，不是机器。如果我们现令每天接触到千百人，却不能使他们归向基督，那么，即使有机器可以帮助我们，接触到双倍数目的人，又有什么用呢？我们倒不如暂停现今的工作，在神面前谦卑、祷告，只求圣灵的充满，使他无可抗拒的能力可以透过我们流通开去……
「现在无数灵魂正走向沉沦，因我们缺乏这能力……神赐福那些凭信心，向他追求这恩福的人。万事都预备好了，只待我们作好准备。让我们求他查明我们，除去一切拦阻，以致他可以更大使用我们。我们中间任何人，若曾论断同工，或曾轻率及开玩笑地说『不方便』；或如果我们容许次要的事占去我们的时间和注意力，代替了神的工作；又或如果忽略了读经和祈祷，我们就要在神面前认罪，祈求他的宽恕，避免将来重蹈复辙。当除去一切拦阻，重新把自己奉献之后，我们就要凭信心接受圣灵的充满，让他占据和管治这洁净了的殿。」
1892年4月 16日，内地会的中国委员会会议暂停。会议记录这样记着：「中国委员会暂停举行会议，与上海布道所的成员同心祈祷，恳求圣灵充满他们，充满在中国的整个差会，以及充满伦敦的委员会。」
他们的祷告蒙神垂听。
珍妮在同一个月里记述说：「神在我们中间工作，使我们每一个人都倒空、谦卑，被圣灵充满。我们经常聚会，充满自由和能力。」
1892年5月，戴德生和珍妮一同乘船赴加拿大。一方面是出于霍亨利的建议，也为了与北美委员会的成员会面。霍亨利劝他留下来，完全休息。回到英国后，戴德生首先跟委员会个别成员会谈，然后才和全体委员开会。尽管仍有不同意见和少许不满，他们的要求已经软化。有人以为海恩波会引退，戴德生希望化解这个危机，就建议举行为期一天的禁食祈祷。
当时，差会面对的不仅是制度问题。1892年也出现入不敷支的情况。1887年，就是发动招募一百位传教士的那一年，中国内地会收到三万镑捐款，1888年的奉献则接近三万三千镑；1889年有近四万九千镑；1890年约有三万镑； 1891年的献金刚超过三万六千镑。但在1892年，每月的收入只有二千镑左右。捐献的降低，几乎可以肯定是由于差会管理出现问题，以及长期为制度争持不下，以致谣言四起。
1892年7月3日，戴德生从苏格兰回来，发觉九月份的奉献数字特别低，通常他们在每月发给上海的电报里，报告了每月的拨款，现在却仍未发出。司库费查理正等待与戴德生商讨应付之策。
「我想我们应多等候一天，才发电报到上海，」戴德生说：「目前，我们应把平常的事务放下，来到神面前，为经费祈求。」
「但我们不能把祈祷后收到的奉献，加入九月份的拨款中，。费查理提醒他。经费通常是按月寄发的。
他们二人同意把九月的奉献数字发电报给上海知道。在中午时，培兰路的同工特别为着这几个月来不理想的奉献收人和经济危机，一起祷告。
到了下午，有一封信寄到培兰路，内中有一张五百镑的支票，并指明是要「立即转往中国」的。
当时，内地会的中国委员会正举行秋季会议，他们收到第一封电报，提到九月份很少奉献。委员会成员便一同为神过去曾解救他们脱离危机而感谢神，并祈求更多的奉献会接着寄来。果然，二十四小时后，他们接到那五百镑奉献的消息，范约翰也宣布他收到另外五百镑的奉献。会议记录这样记着说：「各委员一同起立，颂唱赞美诗。」
1893年1月，霍亨利从加拿大来到伦敦，他扮演了一个重要角色，不仅使差会的制度问题的争论得以调停，并找到解决问题的方案。他门选举了一位商人史洛恩（Sloan）为差会干事，负责伦敦办事处的日常工作，并参与委员会，使总干事海恩波有更多时间参与反鸦片运动，以及公关工作。到了三月，那个几乎使差会陷于分裂的难题终于得到了解决。大家同意伦敦、中国和北美的委员会只有给各区监督提出建议，而无执行的权力。引起争议的《协议书》则分成数段，分别用来指示不同等级的传教士。霍亨利被选为北美办事处的内务主任，范约翰则被接纳为内地会的副总主任。
