尽管1900年的义和团之乱是反基督教，兼且仇洋排外，但主要受害者仍是传教士和基督徒，困传教土散布在中国各地，而其它人则集中在各口岸地区居住。义和团称中国基督徒为「二毛子」，认为他们是中国国家和文化的叛徒。
义和团运动在中国东北地区最盛，因为其它地区很多中国官员对外国人或多或少都会提供一些保护，因为他们明白中国要与西方列强较量，是非常不智的。事实上，中国政府中的温和派都想多方设法改变朝廷发给各省的谕旨；据说他们把「遇见洋人格杀不论」的电报改成「遇见洋人一律保护」的字样。
在义和团之乱中，天主教徒受害最重。单在北京地区死亡的天主教徒，人数已在一万五千至二万之间。利玛窦（Matteo Ricci）的坟墓和十七、十八世纪时耶稣会士的墓家，都被挖开，遭受凌辱。山西天主教徒被杀的，约有二千人，其中包括两位主教和多名神甫。
甘肃省的情况，却相当平静，尽管官方下令传教士离开，但他们仍然留守岗位。1900年9月，位于中国西南的云南省，有一位旅客遇到在那里工作的一位神甫。他连义和团暴乱的事都没有听闻。当他得知法国领事呼吁所有法国公民离开该区时，他拒绝撤离，说要等他的主教下令才会离开，因为他不愿撇下他的群羊。
华北的暴动最厉害。那里的基督教会只有四十多年历史，所以受迫害的人数也较少。中国基督徒死难的人数比天主教徒要少；但基督教传教士的死亡人数却较多。
当北京地区处于千钧一发时，基督教传教士和一些中国信徒，都跟大多数外国人一起，跑到英国公使的官邸中躲避。大约有七百多基督徒被困在那里八星期之久。他们得着几百名外国士兵的帮助，这些士兵是海岸交通未被切断之前就来到北京的。最后，一支由西方国家和日本组成的强大部队，从天津攻进北京，并占领了京城。所以，被围困的那些基督徒中，伤亡很少。
即使这样，还是有不少中国基督徒在河北及其它地区遇难。其中保定的残杀最凶。6月30日和7月１日两天，有十五位来自内地会和两名美国差会的传教士被害。一些目击者见到殉道者临死时的镇静安详，都深受感动。
山西有许多浸信会的信徒被杀。在萧义，内地会有两名女教士韦爱美（Emily Whitchurch）和史伊蒂（Edith Searell）正在祷告时被杀。八月间，汾州府有七位美国美部会（American Board Mission）及三位中国内地会的成员被害。
东北地区以外，伤亡最惨重的是上海南面的浙江省。消灭洋人的电报下达至浙江时，一字未易，仍是「格杀勿论」巡抚虽然略有犹豫，但还是公开发布了，稍后又立即收回。在曲县有一名县长，因为保护外国人而被暴民所杀。这些暴徒又继续残杀，共有十一位内地会成员受害。
其他省则没有基督教传教士遇难。他们大都听从领事的劝告，先行到通商口岸去了。许多教会和教堂被大肆破坏，许多中国基督徒也惨遭虐待，但相比而言，流血事件并不多。
总的来说，在中国境内被屠杀的基督教传教士，共有一百三十多人，而他们被害的子女，就有五十多名。内地会的伤亡数字，是损失了五十八位传教士，还有二十一名传教士子女丧生。被杀害的中国基督徒总数将近二千人。
当初，大家尽量不让戴德生知道义和团在中国大肆残杀的事，因他身体十分虚弱，还在瑞士的达浮斯养病。但隐瞒不了多时，他从中国发出的一系列电报中，获悉这惨痛的消息。自从在美国出现精神崩溃以来，他的精神和体力一直不好。听到这个消息后，他说：「我不能看书，我不能思想，我甚至不能祷告，但是我能信靠。」
七月时，珍妮写了一封信到中国，信上这样说：『我们日日夜夜想着你们，我的丈夫说：『我要尽我所能帮助他们。我们满有权能的天父，必按他的智慧和慈爱，帮助你们每一个人。』」月间，传来更多的噩耗，戴德生一再受到打击，身体衰弱之极，连在房间里行走也得人搀扶，脉搏的跳动一分钟只有四十次。
然而，到了十月，他已略为好转，开始阅读中国事件的详细报告。一天早晨，外面下过一片大雪，满山白皑皑的，他的媳妇乐婷跟他一起阅读。戴德生正读到来自山西南部的报告，获知席胜魔在那里为主作工，直至1896年去世。他含着眼泪告诉媳妇，他读到韦姑娘和史姑娘的信，是她们被害前一天才写的。
「哦，想一想，」他说：「若把这些残害人命的暴徒，换成他的同在、他的怀抱和他的笑容，这就带来喜悦了！」
他停了停，抑住声音，说：「现在，他们在那里也不会感到遗憾，因为他们得到永不褪色的冠冕，主说：『他们要穿白衣与我同行，因为他们是配得的。』」他想到启示录三章4节的话。
戴德生继续谈到一批由危险地区逃出来，汇集在上海内地会的「难民」。他说要赶到他们中间去，跟他们一起。
「虽然我去了也不能做些什么，但我知道他们爱我，如果他们能与我分尝他们的忧伤，我只能跟他们一起哭泣；也许这样会使一些人得点安慰。」
金乐婷对他说：「父亲，没有人能象你一样，如此献出怜悯之情。但您现在却不宜长途跋涉哩！」
内地会的助理副总主任顾正道，在这次义和团屠杀事件中牺牲了。在当地指导内地会的事工，以及慰问死难者家属的担子，除了由副总主任范约翰承担外，还来了一位好帮手，他就是「剑桥七杰」之一的何斯德（Dixon HoSte）。他从河南来上海，准备在此度过夏天，刚碰上范约翰正需要帮助，所以便投入服务。这对于戴德生来说，是很大的安慰。因为多年来戴德生一直觉得何斯德是神安排来接替他的。所以在1900年8月，戴德生认为自己离世的日子近了，就发了电报到上海，委派何斯德任内地会的署理总主任。
义和团事件过去后，西方国家同意中国政府赔偿给各宣教差会和中国基督徒合共四亿五千万两银子。最初，戴德生觉得应拒绝接受以金钱来赔偿性命，但可接纳为房屋和财产损失的赔偿。然而跟伦敦及中国的内地会委员会协商后，决定不要求也不收受任何赔偿，因为他们要向中国人民彰显「基督的柔和谦卑」。以后这就成为中国内地会的方针，即使内地会所受的损失比任何团体更多，但仍坚持不变。不过，个人若想接受个人损失上的赔偿，内地会也不禁止。有人抨击内地会这项决定，但英国外交部却批准了，而且英国驻北京的大使还私自赠给内地会一百镑的捐款，以表赞赏和同情。
其他基督教宣教团体，很少采纳内地会的方针和路线，大多赞成接受对财产损失的赔偿。尼尔主教（Stephen Neill）评论说：「后来的历史告诉我们，戴德生比其它人更有智慧。」尼尔也提到中国付给美国的第一期赔款，被退还作为华人教育基金，以后各期的赔款也豁免了。
在中国义和团暴乱期间，天主教和基督教传教士所表现出来的英雄气概和坚毅不屈，都值得我们致敬。在死亡面前，没有一位传教士是有意放弃信仰或信心动摇的。那时，内地会成员所写的信件中，没有一封流露过对暴民抱怨，或要向暴民报仇的思想。
有时，只要稍微妥协，就可救回自己的性命，但大多数中国信徒也都守住他们的信仰。一些非基督徒的中国官员，亦敢于违背朝廷意旨，甚至不惜牺牲自己的性命去保护其属下地区的外国人，帮助他们逃离险境。
1900年底，戴德生说：「我一直写信给受难者的家属，安慰他们。但希奇的是，他们竟因为同情我，而忘记了自己丧失亲人的痛苦。」事实上，有三百个内地会成员因听到他生病了，从上海写信慰问他。他在1900年12月回信说：
「当我们把你们签署的姓名逐个逐个读完后，我们都感谢神，因为他还把你们留下。这是为了我们，也为了中国。我们所经受的悲惨遭遇是神所容许的，是为了他的荣耀和我们的益处。他考验了我们和中国的弟兄姊妹后，肯定要重新打开福音的门。以后的工作环境一定会比从前更加有利。
「我们感谢神，因他踢恩给受苦的人。他信赖我们这个宣教组织，让我们经受如此沉重的考验。在我们内地会当中，有许多人还配得那殉道者的冠冕。在存留的人中，有些人所受的苦比一些被主接去的人还要多哩！他决不忘记我们为他受的苦。在那试炼临到的时刻，我竟离开你们那么远，实在愧对你们。但施恩座离中国那么近，照样，离我们也是那么近。
「当我们在内地的福音工作有可能再次恢复时，我们会发现环境改变了。可是，我们所验证的原则，因为是建立在他永不改变的道中，故此仍旧可沿用。神要作教导，愿我们一起学习神要教导我们的功课；他要借圣灵装备我们。进一步的事奉，就是我们等候主来时，他要召我们作的工。」
